Hösten 1849 tas intiativ till att bilda Tivoli-Ångbåts-Bolaget för ångbåtstrafik i Stockholmsområdet. Vid en bolagsstämma i början av oktober 1849 kallas bolaget istället för Djurgårds-Ångbåts-Bolaget och vid nästa stämma Djurgårds Ångbåts AB. I slutet av januari 1850 beställer man sitt första fartyg, hjulångaren Ægir, och 3 maj samma år startas daglig trafik mellan Stockholm och Vaxholm. 15 februari 1869 ombildas bolaget till Waxholms Ångfartygs AB, Stockholm och börjar då kallas för "Waxholmsbolaget".
16 mars 1901 går man ihop med konkurrenten Stockholm - Vaxholms Rederi AB, Vaxholm och bildar tillsammans Waxholms Nya Ångfartygs AB, Vaxholm. Våren 1913 börjar man använda det numera välkända rederimärket på skorstenarna, i form av ett blågult band med ett svart W. 1917 blir det nybildade AB Kol & Koks huvudägare till Waxholms Nya Ångfartygs AB. 15 mars 1946 övertas aktiemajoriteten i rederiet av Stockholms Rederi AB Svea, Stockholm.
28 maj 1963 startar AB Waxholmsbåtar med Vaxholms stad som ägare för att från och med 1 oktober 1964 överta skärgårdstrafiken från Waxholms Nya Ångfartygs AB och man köper också de sju fartygen Express II, Storskär, Norrskär, Västan, Rödlöga, Hugin och Ran från det gamla bolaget. Saxaren skulle ingått i köpet men efter grundstötningen 21 maj 1964 säljs hon istället till två ungdomar. 23 oktober 1964 byter AB Waxholmsbåtar namn till Waxholms Ångfartygs AB (WÅAB), Vaxholm. Efter en tid med ekonomiska problem övertas rederiet onsdagen 29 maj 1967 av Kommunalförbundet för Stockholms stads och läns regionala frågor, KSL, Stockholm för 643.000 SEK. KSL hade startats 1 januari 1966 av Stockholms Läns Landsting (SLL) och Stockholms stad (Stockholms stad ingick då inte i Landstinget). 1970 övertas Stockholms Ångslups AB och deras fartyg, däribland Djurgårdsfärjorna.
1 januari 1971 blir Stockholms Läns Landsting (SLL) ensam ägare till rederiet då KSL läggs ner. 1994 blir WÅAB en beställarorganisation som äger fartygen men som upphandlar driften av dem. I samband med detta bildar SLL ett helägt bolag för den operativa driften av fartygen, Stockholms Sjötrafik AB, dit alla ombordanställda går över till. I oktober 2013 blir administrationen av WÅAB och varumärket Waxholmsbolaget en del av SLL och Trafikförvaltningens organisation och flyttar då från Tullhuset på Blasieholmen till Trafikförvaltningens kontor på Lindhagensgatan 100 i Stockholm. Inom SLL har alla helägda bolag legalt ägts av olika koncernbolag från 1970-talet. 1 januari 2019 byter Stockholms Läns Landsting namn till Region Stockholm. 1 juni 2019 överlåts ägandet av WÅAB från Landstingshuset i Stockholm AB till AB Storstockholms Lokaltrafik (SL), som i sin tur ägs av Region Stockholm.
